战争转入战略相持阶段，敌后战场逐渐成为中国抗战主战场
日军占领武汉、广州后，战线延长，兵力分散，财政经济困难。同时，中国人民坚决抗战，尤其是八路军、新四军在广阔的华北、华中敌后战场上消耗与牵制其大量兵力，与正面战场国民党军相配合，在战略上对日军构成严重威胁。因而，日军不得不改变速战速决的战略方针，停止正面战场的战略进攻，改取以保守占领区为主的方针，逐渐转移其主要兵力打击共产党领导的抗日武装力量。这样，八路军、新四军和华南抗日游击队抗击日军侵华总兵力（不含关东军）达到58％以上，敌后战场（又称解放区战场）逐渐成为中国抗战的主要战场。中日战争进入战略相持阶段。
1938年11～12月间，日本近卫文麿内阁连续发表声明，改变过去“不以国民政府为（谈判）对手”的立场，转而采取以政治诱降为主、军事打击为辅的政策；提出“善邻友好、共同防共、经济合作”的“近卫三原则”，引诱国民政府降日反共；并推行“以华制华”“以战养战”的策略，积极扶植傀儡政权，发展伪军，加紧掠夺占领区内的人力、物力、财力。1939年9月，第二次世界大战在欧洲展开。日军大本营为统一指挥侵华日军（不含关东军），在南京成立中国派遣军总司令部。1940年9月27日，日本与德国、意大利结成法西斯军事联盟。
国民党当局由于在战争中多次失利和惧怕共产党领导的人民抗日力量日益发展，在日本诱降和英、美对日妥协政策的影响下，从战争初期抗日较为积极，同共产党关系也比较好，逐渐转为消极抗日，积极反共。1938年12月，国民党副总裁、国民参政会议长汪精卫公开投降日本，随后成立南京傀儡政权。1939年1月，国民党五届五中全会通过《限制异党活动办法》，设立“防共委员会”。不久，又秘密颁发《共党问题处置办法》《沦陷区防范共党活动办法》等反共文件。11月，国民党五届六中全会确定以军事限共为主，政治限共为辅的方针，随即掀起第一次反共高潮，调动军队进攻八路军和山西新军。国内出现严重的投降、分裂、倒退的危险。1939～1940年，日军对正面战场先后发动南昌、长沙、桂南、枣宜等战役。中国军队在此期间发动了1939年冬季攻势作战，并取得第一次长沙会战和昆仑关作战的胜利，但丧失了东南沿海大部分地区和南昌、宜昌等重要城市。
中国共产党于1938年9月底～11月上旬在延安召开扩大的六届六中全会，提出要不断巩固与扩大抗日民族统一战线，把党的主要工作方面放在战区和敌后，确定了巩固华北，发展华中、华南的战略任务。1939～1940年，中国共产党及所领导的抗日武装部队，高举坚持抗战、反对投降，坚持团结、反对分裂，坚持进步、反对倒退的旗帜，同日伪军的“扫荡”和国民党顽固派的军事磨擦进行坚决的斗争，放手扩大抗日力量，使抗日根据地得到迅猛发展，成为坚持中国抗战的中坚力量。
在华北，日军华北方面军集中其大部兵力和几乎全部伪军，采取分割、封锁和“扫荡”等手段，轮番对各抗日根据地进行“肃正作战”，企图实现由“点”“线”占领扩大到“面”的占领。八路军于1938年底～1939年初，以3个师的主力挺进冀、鲁、豫平原，挫败日伪军对冀中、冀南和鲁西北等地区的大规模“扫荡”，巩固与扩大了抗日根据地。从1939年夏开始，日军进攻重点由平原转向山区抗日根据地。晋察冀、晋冀豫、晋西北、山东等抗日根据地军民，采取内线与外线相结合，主力军与地方武装、民兵相结合，挫败日伪军的多次“扫荡”。1939年冬～1940年春，国民党顽固派军队进攻陕甘宁边区和晋西南、晋西北、晋东南、冀南、冀鲁豫等抗日根据地，八路军和山西新军为坚持团结抗日，实施自卫反击，打退了国民党顽固派掀起的第一次反共高潮。为打破日军的“囚笼政策”，争取华北战局更有利地发展，并影响全国的抗战局势，克服国民党妥协投降的危险，八路军于1940年8月～1941年1月，先后出动105个团共27万余人的兵力，对华北日伪军占领的交通线及据点，展开大规模的进攻，史称“百团大战”。在前3个半月的作战中，进行大小战斗1824次，破坏铁路474千米、公路1500余千米，毙伤俘日伪军4万余人，沉重地打击了日军，坚定了全国人民的抗战信心，进一步提高了中国共产党及其领导的抗日武装力量的声威。
在华中，新四军执行东进北上方针，向淞沪、皖东、豫皖苏边及皖东北、豫鄂边发展。1940年夏，八路军第2纵队主力南下豫皖苏边区，新四军江南指挥部率主力渡长江北上苏北，10月上旬取得反击国民党顽固派军队的黄桥战役的胜利，从而打开了苏北抗战的局面。
在华南，除琼崖（即海南岛）红军游击队转为抗日武装开展游击战争外，中共在广东省东江、珠江三角洲等地区建立抗日武装，积极开展游击战争，创建了抗日根据地。
在东北，东北抗日联军在极端困难的条件下，在南起长白山、北至小兴安岭、东濒乌苏里江、西迄辽河的广大地区内，独立地坚持抗日游击战争。1938年10月至1940年底，日本关东军和伪满洲国军采取集家并屯、保甲连坐、经济封锁、残酷烧杀等手段对东北抗日联军进行“讨伐”，东北抗日联军遭到严重损失，主力转入苏联境内整训，同时继续坚持游击战争。
敌后抗日武装力量克服严重困难，坚持抗战
1941年，德、意法西斯在欧洲战场连获胜利，德国对苏联发动侵略战争，更助长了日本的侵略野心。苏联为防止日本北进，避免两线作战，继续采取支援中国抗战的政策。英国、美国为利用中国抗战遏制日本南进，转为支持中国抗战。日本为争夺美国、英国、荷兰等国在东南亚和西南太平洋的殖民地，夺取丰富的资源，建立“大东亚共荣圈”，于1941年12月8日对美国驻珍珠港的太平洋舰队实施突然袭击，太平洋战争由此爆发。9日，中国政府正式对日本宣战，同时宣布对德、意两国处于战争地位。日军为巩固在中国的占领区，使之成为进行太平洋战争的“兵站基地”，对国民党继续实行以政治诱降为主、军事打击为辅的政策；集中力量打击中国共产党领导的抗日武装力量，对各抗日根据地实施军事、政治、经济、文化相结合的“总力战”，调集其侵华兵力（不含关东军）的75％和伪军的全部进行大规模的“扫荡”“治安强化”“清乡”和“蚕食”，实行烧光、杀光、抢光的“三光”政策，制造无人区，企图消灭八路军、新四军和华南抗日游击队，摧毁抗日根据地。
国民党当局在日本诱降、德国劝降和英、美、苏积极支持中国抗战的形势下，继续执行消极抗战、积极反共，既抗战、又反共的两面政策。1941～1943年，国民党军在正面战场进行的主要作战，有豫南会战、上高会战、中条山会战、第二次长沙会战、第三次长沙会战、鄂西会战和常德会战。这几次会战，是在日军为配合东南亚方面作战，切断中国东南交通线，摧毁美军在中国的空军基地，防止中国军队南下而发动局部进攻的情况下实施的。国民党军在第三次长沙会战和鄂西会战中，获得较好战绩。1942年1月，盟军成立中国战区（包括泰国、越南），蒋介石出任中国战区最高统帅，美国陆军中将史迪威为中国战区参谋长。此外，中国政府根据1941年12月签订的《中英共同防御滇缅路协定》，于1942年2～8月以3个军组成中国远征军进入缅甸与英军协同作战。另一方面，国民党顽固派却加紧反共，于1941年1月掀起第二次反共高潮，制造皖南事变，包围和袭击奉命由皖南向长江以北转移的新四军军部和皖南部队。新四军军长叶挺被扣，副军长项英等人被害，部队遭受严重损失。中共中央对国民党顽固派这一罪恶行径在政治上进行了坚决的揭露和反击。中共中央军委并决定重建新四军军部，任命陈毅为代理军长，刘少奇为政治委员。新四军部队整编为7个师另1个独立旅共9万余人，继续坚持华中抗战。
1941～1942年，日军对各抗日根据地进行数千人兵力的“扫荡”共132次，1万～7万人兵力的“扫荡”27次，且持续时间长。由于日军实行“三光”政策，加上国民党顽固派的反共摩擦，以及连年的自然灾害，各抗日根据地遭受严重摧残，处于严重困难时期。为渡过难关，战胜严重困难，坚持持久抗战，中国共产党领导各抗日根据地军民，实行精兵简政、减租减息等各项政策；开展整风和大生产运动；实行主力兵团地方化、地方武装群众化，加强主力军、地方军和民兵、自卫队相结合的人民武装力量体制建设；采取“敌进我进”的作战方针，深入敌占区，打击日伪军，瓦解伪军和伪组织；以围困战、麻雀战、地雷战、地道战等各种作战形式，进行反“扫荡”、反“清乡”和反“蚕食”斗争。两年中，八路军、新四军和华南抗日游击队，与日伪军作战4万余次，毙伤日伪军27万余人。至1942年底，抗日根据地面积虽然缩小了，人口由1亿减至5000万以下，军队由50多万减至近40万人，但根据地军民克服困难，顽强战斗，坚持抗日斗争，渡过了敌后抗战最艰苦的阶段。
从1943年起，第二次世界大战形势发生了有利于反法西斯阵线的重大转折。在欧洲战场，苏联红军于1943年春取得斯大林格勒战役的胜利，转入战略反攻。8月16日，美英联军占领意大利西西里岛。9月3日，意大利政府向同盟国投降。在太平洋战场，美军于2月攻占了瓜达尔卡纳尔岛，从而迫使日军转入战略防御。在中国战场，日军在中国军民持久抗战特别是敌后战场人民战争的有力打击下，受到很大消耗和削弱，战斗力下降。日本为挽救其失败的命运，改变其在太平洋战场的不利态势，阻止美军反攻，急欲尽快结束对华战争。日军继续将在中国战场的军队分为守备部队和机动部队，并以伪军接替部分日军担任守备，抽调更多的兵力增援太平洋战场，同时加强航空兵作战，摧毁中、美的空军基地，其主要兵力仍用以对各抗日根据地进行“扫荡”“清乡”和“蚕食”。11月，中、美、英三国首脑举行开罗会议，讨论对日作战和远东问题。三国签订的《开罗宣言》明确规定：把日本侵略中国的东北地区、台湾、澎湖列岛等归还中国。
各抗日根据地军民利用有利的国际形势，进一步贯彻“敌进我进”方针，积极展开拔除与逼退日伪军据点，破坏其交通线的作战。抗日根据地转入恢复和再发展阶段。在华北，至1943年底，晋察冀军区收复村庄5500多个，攻占和逼退日伪军据点600多个。晋绥军区派出39个主力连和49个游击中队配合武工队活动，共拔除日伪军据点58个，收复村庄1000多个。晋冀鲁豫各军区派出近千支武工队和小部队，到边缘区和敌占区打击敌人，收复大片失地，建立许多小块游击区。山东军区积极开展边缘区斗争，采用“敌人打到我这边来，我就打到敌人那边去”的“翻边战术”，拔除日伪军据点340多个。华中地区由于日军进行重点“扫荡”和“清乡”，斗争形势仍处于困难阶段。新四军各部队与广大群众密切配合，以武装斗争为主，结合合法斗争，积极展开破路、围困据点与反“扫荡”、反“清乡”斗争，从而有效地遏制了日军的“蚕食”，恢复与扩大了抗日根据地。1943年7～8月，八路军冀鲁豫军区部队和第129师一部先后发起卫南战役和林南战役，开始进行局部反攻。这两次战役共歼伪军1.2万余人，解放人口40余万。9～10月，晋冀鲁豫区、晋绥军区、山东军区部队，先后挫败日伪军1万～4万余人的秋季大“扫荡”。11～12月，广东人民抗日游击总队在大岭山地区挫败日军1万余人的“扫荡”。各抗日根据地的反“扫荡”、反“清乡”和反“蚕食”斗争，消耗和牵制了日军大量兵力，从战略上配合了太平洋战场美英军的对日作战。到1943年冬，美英军在太平洋战场对日军转入战略反攻时，中国解放区战场还抗击着侵华日军（不含关东军）的64％、伪军的95％。
在此期间，1943年夏季，国民党顽固派掀起第三次反共高潮，调集重兵，阴谋进攻陕甘宁边区。中共中央及时予以揭露并组织部队严阵以待，使其阴谋未能得逞。